La cuestión principal a resolver se centra en precisar si la utilización incorrecta de un procedimiento de gestión, en este caso el procedimiento de verificación de datos, en lugar del de comprobación limitada, constituye un supuesto de nulidad radical o de mera anulabilidad, a los efectos de determinar si aquel procedimiento inicial interrumpe o no la prescripción del derecho de la Administración a liquidar.

El procedimiento de verificación de datos contemplado en los artículos 131 a 133 de la LGT tiene un alcance limitado en relación con el procedimiento de comprobación limitada. En concreto, aquel se agota en el mero control de carácter formal de una autoliquidación (en el caso discutido, el modelo 601 del gravamen por AJD), y en su coincidencia con los datos procedentes de otras declaraciones o en poder de la Administración.

La LGT en el artículo 131 contiene un númerus clausus de supuestos en los que cabe iniciar el procedimiento de comprobación de datos. Entre ellos se encuentra, "d) cuando se requiera la aclaración o justificación de algún dato relativo a la declaración o autoliquidación presentada, siempre que no se refiera al desarrollo de actividades económicas".

Tanto el TEAC como el TSJ de Madrid entendieron que, dada la complejidad de determinar cuándo se adquiere la condición de empresario a efectos del IVA y si a la fecha en que se transmitieron los terrenos por las personas físicas vendedoras se hubiera adquirido esta cualidad por realizarse actividades de urbanización, lo que se pretendía, en definitiva, era determinar si se desarrollaban o no actividades económicas, cuestión expresamente excluida de este procedimiento de gestión. Por ello resulta muy evidente la improcedente utilización del procedimiento de verificación de datos.

Una vez resuelta la primera cuestión lo que procede seguidamente es dirimir si la consecuencia ha de ser o no la nulidad de pleno derecho de lo actuado, al amparo del artículo 217.1.e) de la LGT por haberse dictado prescindiendo total y absolutamente del procedimiento legalmente establecido para ello.

Queda claro que la Administración utilizó el procedimiento de verificación para una finalidad que el propio artículo 131 prohíbe, con la consiguiente disminución de las garantías y derechos del administrado. 

Por ello concluye el Tribunal Supremo que la utilización de un procedimiento de verificación de datos, cuando debió serlo de uno de comprobación limitada, constituye un supuesto de nulidad de pleno derecho, con las consecuencias que ellos acarrea, como es la no interrupción del plazo de prescripción de la Administración.