El recurso de casación resuelto por el TS en esta sentencia tiene como principal objeto determinar si la aplicación del principio de regularización íntegra puede comportar la rectificación de liquidaciones de ejercicios prescritos en beneficio del contribuyente. 

En particular, si la regularización de ejercicios no prescritos mediante la supresión de la deducción de bases imponibles negativas debe implicar la corrección de la tributación de los ingresos vinculados a esos gastos, aunque se hiciera en ejercicios respecto de los cuales hubiera transcurrido el plazo de prescripción. 

De este modo se entiende que la jurisprudencia sobre el principio de regularización íntegra debe ser completada para contestar, en particular, a la cuestión de si "por su aplicación, puede regularizarse un ejercicio prescrito en beneficio del sujeto inspeccionado".

El objeto del recurso se encuentra en la regularización practicada a una entidad, por el concepto Impuesto sobre Sociedades, ejercicio 2008, al considerar la Inspección que determinados conceptos (provisión por insolvencias) fueron deducidos improcedentemente en los ejercicios 2005 y 2007, lo que determinó la corrección de las BINs generadas y compensadas en el ejercicio 2008. 

De esta forma la Administración consideró que no era deducible el gasto consignado en dichos ejercicios y que correspondía al pago que, una vez recibido de dicha entidad, debía hacerse a terceros, de modo que si esa cuenta por cobrar nunca debió haber sido contabilizada (por corresponder a terceros), tampoco debió haber dado lugar al registro de ningún ingreso por la misma. 

Así pues, la regularización debió haber tenido también en cuenta que la tributación de tales ingresos resultaba improcedente, aunque estuvieran registrados en ejercicios prescritos, en lugar de limitarse a cuestionar la deducibilidad de la provisión por insolvencias en los ejercicios 2005 y 2007 (también prescritos) ante la morosidad del deudor de los citados ingresos.

En síntesis, lo que parece es que tanto la Administración en un primer momento como la sentencia de instancia objeto del recurso de casación consagran una aplicación asimétrica del instituto de la prescripción. 

Así, se observa que mientras la prescripción sería el obstáculo que impediría a la Inspección corregir unos ingresos que ella misma reconoce que nunca debieron haberse consignado (en un ejercicio prescrito); sin embargo, esa misma prescripción no supone obstáculo para rechazar (en un ejercicio no prescrito) la deducibilidad del gasto por la dotación de la provisión de insolvencias, ante el impago del deudor cuya cuenta por cobrar originó el registro del ingreso.

A la vista de lo anterior se entiende que la Administración debió acometer una regularización íntegra de su situación tributaria en la que, aparte de rechazar la deducibilidad de los gastos corrigiera la sobreimposición producida por la tributación de los ingresos vinculados a esos gastos que no debieron haberse contabilizado.

El apartado 2 del art 66 bis LGT introduce una serie de reglas particulares en relación con los prescripción reconociendo el derecho de la Administración para iniciar el procedimiento de comprobación de las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o de deducciones aplicadas o pendientes de aplicación, sometiéndolo a un plazo de prescripción de 10 años; comprobación -y, en su caso, corrección o regularización de bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o deducciones aplicadas o pendientes de aplicación respecto de las que no se hubiese producido esa prescripción de 10 años-, que solo podrá realizarse en el curso de procedimientos de comprobación relativos a obligaciones tributarias y periodos cuyo derecho a liquidar no se encuentre prescrito. 

En síntesis, el derecho a comprobar e investigar que, con carácter general, no se ve afectado por plazos de prescripción, está constreñido, en cambio, a un plazo de prescripción de 10 años cuando versa sobre las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o sobre deducciones aplicadas o pendientes de aplicación. 

En consecuencia, la imposibilidad de regularizar, más allá del plazo de 4 años, situaciones tributarias prescritas o, desde su envés, la de rectificar el contribuyente sus autoliquidaciones, no obsta a que la Administración tributaria realice comprobaciones e investigaciones sobre los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones, negocios, valores y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria para verificar el correcto cumplimiento de las normas aplicables ( art. 115 LGT) sobre ejercicios prescritos, en cuanto puedan tener incidencia sobre los no prescritos. 

La novedad que incorpora este recurso es la de indagar en si, manteniendo con nitidez esa delimitación entre rectificación y comprobación, resulta posible proyectar sobre ejercicios no prescritos, a través del catalizador que representa el principio de íntegra regularización, los datos que ha obtenido la Administración al escudriñar los ejercicios prescritos en el ejercicio de esa potestad de comprobación e investigación, con independencia de que resulten favorables o desfavorables al contribuyente. 

En relación con esta cuestión concluye el TS que en las actuaciones de regularización tributaria, la Administración debe tener en consideración todas las consecuencias que, siendo determinantes del correcto cumplimiento de la obligación tributaria, se deriven de sus potestades y funciones de comprobación e investigación sobre ejercicios tributarios prescritos, con independencia de que resulten favorables o desfavorables al contribuyente.

En particular, si la regularización tributaria afectara al importe de bases imponibles negativas, como consecuencia de proyectar sobre un ejercicio no prescrito la apreciación de que una determinada deducción fue indebidamente aplicada en un ejercicio prescrito, la Administración deberá proyectar, asimismo, sobre el ejercicio regularizado, las consecuencias que se deriven de la ausencia de unos ingresos que se hubieran hecho constar indebidamente en esos mismos ejercicios prescritos, siempre que las deducciones se encuentren vinculadas a tales ingresos, al exigirlo así el principio de regularización íntegra.